Ein Problem des Naturschutzes ist die Flächenkonkurrenz zwischen ihm und der Landwirtschaft. Beide zielen auf die gleiche Fläche. Aus diesem Grunde war der Flächenerwerb zu Naturschutzzwecken der wichtigste Aspekt des Naturschutzgroßprojektes von gesamtstaatlich repräsentativer Bedeutung. Auf den vereinseigenen Flächen, die nach Auslaufen bestehender Pachtverträge in der Regel wieder an die bisherigen Pächter verpachtet werden, darf nur unter naturschutzfachlichen Auflagen gewirtschaftet werden. Diese betreffen beispielsweise die frühesten Nutzungstermine und die Besatzdichte mit Vieh. Die vom Land Brandenburg als Wildnisgebiete ausgewiesenen oder geplanten Flächen sollen nach und nach ganz aus der Nutzung genommen werden.
Seit dem Jahr 2000 bemüht sich das Land Brandenburg, mit Hilfe eines Unternehmensflurbereinigungsverfahrens, die damit verbundenen Nutzungseinschränkungen gleichmäßig auf die landwirtschaftlichen Betriebe zu verteilen.
Die zum Teil medienwirksam inszenierten Auseinandersetzungen zwischen Landwirtschaft und Naturschutz, die mitunter auch von außen in die Region getragen wurden, gehören seit dem Auslaufen der Fördermittel im Jahre 2000 und den damit verbundenen schwindenden Einwirkungsmöglichkeiten des Landes Brandenburgs auf das Verpachtungsgeschehen weitgehend der Vergangenheit an. Das Verhältnis zwischen dem Verein als dem größten Grundstückseigentümer und seinen landwirtschaftlichen Pächtern hat sich entkrampft und normalisiert. Es hat sich gezeigt, dass es durchaus möglich ist, die naturschutzfachlichen Vorgaben des Zuwendungsbescheides nach und nach umzusetzen, ohne die örtliche Landwirtschaft über Gebühr zu belasten. Aus Naturschutzgründen jedenfalls hat noch kein landwirtschaftlicher Betrieb in der Region schließen müssen. Das soll auch in Zukunft so bleiben.