Dierwsze obszary chronione w dolinie dolnej Odry pojawiły się na początku XX wieku. Duży obszar zalanego polderu w pobliżu Schwedt został w 1980 r. uznany za teren podmokły o międzynarodowym znaczeniu (FIB) w ramach konwencji RAMSAR. Dziś jest Niemiecki Park Narodowy
- na całej jego powierzchni Rezerwat przyrody (NSG),
- jako rezerwat ptaków według kryteriów europejskich Obszar specjalnej ochrony (SPA) obszar i
- według kryteriów międzynarodowych jak Międzynarodowy Obszar Ptaków obszar chroniony (IBA)
- jak Obszar FFH (Natura 2000) zgłoszone i potwierdzone zgodnie z Dyrektywą Flora-Fauna-Siedlisko Unii Europejskiej.
Polskie parki krajobrazowe są również zarejestrowane jako obszary Natura 2000 UE. Podsumowując, można stwierdzić, że park narodowy jest chroniony po stronie niemieckiej zgodnie ze wszystkimi zasadami międzynarodowego, europejskiego, niemieckiego i brandenburskiego prawa ochrony przyrody.
Główny projekt
Od 1992 do 2000 roku Dolina Dolnej Odry była finansowana przez Republikę Federalną Niemiec i Brandenburgię jako ważny projekt ochrony przyrody rządu federalnego (projekt pasa wodnego). Wymogi ochrony przyrody dla projektu zostały określone przez rząd federalny w liście dystrybucyjnym do stanu oraz przez stan w powiadomieniu o dotacji dla stowarzyszenia przyjaciół. Zapewniają wymagającą ochronę przyrody.
Koncepcja ochrony
Jak zwykle w parku narodowym, priorytetem w dolinie dolnej Odry jest ochrona naturalnych procesów ekosystemu. Tutaj przyroda powinna być naturą. W nowej ustawie o parkach narodowych z 2006 r. 50,1 proc. z 10 tys. hektarów parku narodowego jest objęte ochroną tego procesu, aczkolwiek bez określonego limitu czasowego na osiągnięcie tego celu. Do tej pory tylko 1351 ha wyznaczono jako obszar dziki (rezerwat całkowity, strefa I). Zabroniona jest tam wszelka ingerencja człowieka.
Na pozostałych 50 proc., czyli dobrych 5000 ha, ekstensywne rolnictwo powinno być nadal możliwe przy zachowaniu wymogów ochrony przyrody. Na terenach Związku Parków Narodowych najwcześniejszy możliwy termin użytkowania to 1 lipca, w przypadku zarybienia derkacza lub trzcinniczki do 15 sierpnia każdego roku. Obsada zwierząt gospodarskich jest również ograniczona do średnio maksymalnie jednej sztuki żywej na hektar. W przypadku łąk należy wykluczyć brzegi wód i lasów, podczas koszenia pozostawić naprzemienne pasy jako miejsca odosobnienia dla mieszkańców łąk. Na tych ekstensywnie użytkowanych pastwiskach i łąkach, w przeciwieństwie do obszarów dzikich, nie priorytetem jest ochrona procesowa, ale także ochrona gatunkowa, przy czym nacisk położono na niektóre szczególnie priorytetowe gatunki, takie jak trzcinnik (Acrocephalus paludicola), derkacz (Crex. crex) lub też baldachy palnika (Cnidium). Od dawna z góry dyskutowano, czy gdyby ten obszar miał być chroniony jako rezerwat biosfery, spadkobiercy kulturowi, np. bocian biały (Ciconia ciconia), ale także hodowcy łąk, znaleźliby lepsze warunki bytowania na terenach ekstensywnie uprawianych niż na dziki. Rzeczywiście, inne gatunki czerpią korzyści z porzucania i naturalnej sukcesji niż z ekstensywnego rolnictwa. Ponieważ zarówno argumenty, jak i podejścia mają coś do siebie, ostatecznie uzgodniono, że połowa parku narodowego powinna być otwarta dla rolnictwa ekologicznego, a tym samym dla ochrony biotopów i gatunków (strefa II) i otwarta połowa na rozwój dzikiej przyrody (strefa I). II) i połowa do otwarcia na dziką zabudowę (strefa I).