Die Forstwirtschaft spielt im waldarmen Unteren Odertal nur eine geringe Rolle und war selbst in sozialistischen Zeiten weder in den Auwaldresten noch in den schwer zu bewirtschaftenden Hangwäldern ausgeprägt. Von daher nutzte das brandenburgische Umweltministerium bei der Ausweisung der ersten Totalreservate 1995 die Gelegenheit, vor allem Waldgebiete als Wildniszonen auszuweisen. Darüber hinaus bemüht sich der Verein durch biotopeinrichtende Maßnahmen den Auwaldanteil im Unteren Odertal nach und nach zu erhöhen.
Die Forstwirtschaft ist in den Wäldern des Nationalparkes weitgehend eingestellt, auch dort, wo die früheren Aufforstungsmaßnahmen, auch noch fremdländische Gehölze und Monokulturen, zu finden sind. Große Teile der Laubwälder sind aber heute schon in einem naturnahen, nationalparkwürdigen Zustand. Konflikte zwischen Naturschutz und Forstwirtschaft gibt es im Nationalpark nicht. Der Waldanteil ist aber auch vergleichsweise klein.