Wie jeder Nationalpark, zumindest im deutschen Sprachraum, verfügt auch der Nationalpark Unteres Odertal über eine Nationalparkverwaltung. Sie ist im ehemaligen Gesindehaus des im Krieg kaum zerstörten Gutskomplexes Criewen untergebracht, die Naturwacht, die organisatorisch der öffentlich-rechtlichen Stiftung Naturschutzfond Brandenburg untersteht, im benachbarten ehemaligen Schweinestall. Im schön renovierten ehemaligen Kornspeicher findet sich heute das Dorfgemeinschaftshaus, im einstigen Schafstall das sehenswerte Besucherinformationszentrum. In einer Baulücke wurde zu DDR-Zeiten, völlig deplatziert, eine hässliche Turnhalle gebaut. In einer gelungenen Gemeinschaftsaktion zwischen der Gemeinde Criewen, der Stadt Schwedt und der Nationalparkstiftung Unteres Odertal konnte diese abgerissen und stattdessen am Ortsrand ein neuer Sportplatz mit moderner Turnhalle errichtet werden. Weitere Gebäude sind leider im Krieg verloren gegangen und nur noch in seinen Grundmauern zu erkennen, wie zum Beispiel der ehemalige Rinderstall. Recht gut erhalten und privat bewohnt ist hingegen am Rande des von Peter-Joseph Lenné konzipierten Parks das Verwalterhaus und ebenfalls nicht weit entfernt das Vorwerk, ebenfalls mit einem Verwalterhaus für den landwirtschaftlichen Bereich.
Die Nationalparkverwaltung, ursprünglich dem Landesumweltamt in der Abteilung Naturschutz als eigenes Referat angegliedert, ist nun direkt der Naturschutzabteilung des brandenburgischen Ministeriums für Landwirtschaft, Umwelt und Klimaschutz (MLUK) zugeordnet. Ein Amt, also eine Behörde im verwaltungsrechtlichen Sinne ist die Nationalparkverwaltung aber nicht. Das haben seinerzeit die Landräte aus den betroffenen Kreisen Barnim und Uckermark verhindert. Als Behörde im rechtlichen Sinne fungieren also, jeweils für ihren Bereich, die beiden Kreisverwaltungen, die Nationalparkverwaltung leistet Zuarbeit.
Neben dem staatlich organisierten und verwalteten Naturschutz (Nationalparkverwaltung, Naturwacht) haben sich aber seit der deutschen Wiedervereinigung – und das dürfte einmalig, zumindest im deutschen Sprachraum, sein – vier privatrechtliche Organisationen gebildet, die zwar hoch professionell, aber auch stark durch ehrenamtliches Engagement getragen, wichtige Aufgaben im Naturschutz, in der Landschaftspflege und in der Landwirtschaft übernommen haben, so der 1992 gegründete Verein der Freunde des Deutsch-Polnischen Europa-Nationalparks Unteres Odertal e.V. (Nationalparkverein), die 1995 gegründete Nationalparkstiftung Unteres Odertal, die Internationalpark Unteres Odertal GmbH und die Öko Agrar GmbH Unteres Odertal. Diese vier Organisationen, die stark vom bürgerschaftlichen Engagement getragen sind und gerade die Menschen vor Ort in den Nationalpark als aktive Partner mit einbeziehen wollen, arbeiten eng miteinander zusammen, um unnötige Reibungsverluste und ein neidvolles Gegeneinander zu vermeiden.
Daneben gibt es einen staatlichen Förderverein Nationalpark Unteres Odertal e.V., Vorsitzender ist der Bürgermeister der Stadt Schwedt, Jürgen Polzehl, Stellvertreter ist der Leiter der Nationalparkverwaltung, Dirk Treichel. Sinn und Zweck des Vereins ist es vor allem, finanzielle Mittel zu generieren, beispielsweise von den städtischen Stadtwerken, um Veranstaltungen verschiedener Art im Nationalparkgebiet durchführen zu können.